MA MATIQ Isy Karima dikenal sebagai sekolah unggulan yang berfokus pada pembentukan generasi Huffazh berjiwa da’i dan Mujahid Fi Sabilillah. Sekolah ini menawarkan dua program unggulan: Program Khusus Putra-Putri Tahfiz 30 Juz dan Program Reguler Putra Tahfiz 10 Juz.
Tahfizhul Qur’an menjadi inti kurikulum di Ma’had Tahfizhul Qur’an Isy Karima, dengan pencapaian hafalan Al-Qur’an sebagai syarat utama kenaikan kelas dan kelulusan. Guna mendukung program ini, MATIQ Isy Karima menyediakan tenaga pengajar bersanad Al-Qur’an, baik dari Asatidzah/Ustadzaat yang telah menempuh Sanad Al-Qur’an maupun mengundang masyayikh yang berasal dari luar negeri untuk tinggal di pesantren.
Materi kepondokan Santri diajarkan berbagai materi agama untuk mempersiapkan generasi penerus bangsa agar memiliki dasar pemahaman dan keyakinan yang kuat. Sedangkan materi pelajaran umum pada jenjang Madrasah Aliyah, mengacu Kurikulum 2013 Kementerian Agama Republik Indonesia yang ditetapkan dalam Peraturan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 36 Tahun 2018 Tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Nomor 59 Tahun 2014 Tentang Kurikulum 2013 Sekolah Menengah Atas/Madrasah Aliyah.
MATIQ Isy Karima juga didukung oleh guru-guru profesional di bidangnya dengan standar kelulusan yang diakui baik di dalam maupun luar negeri.
